Çanakkale Savaşları Enstitüsü, kuruluş felsefesi doğrultusunda aşağıdaki hedefleri gerçekleştirmeyi amaç edinmiştir:

• Literatürün Geliştirilmesi: Çanakkale Savaşları araştırmaları kapsamında yürütülecek projeler, akademik faaliyetler ve kurumsal iş birlikleri vasıtasıyla Türk literatürünün uluslararası standartlarda temsil edilmesi hedeflenmektedir.
• Kurumsal Kimlik ve Tanıtım: Hem dünya hem de Türk tarihi açısından bir dönüm noktası kabul edilen Çanakkale’nin tanıtımında; Enstitü birikimi, uzman kadrosu ve tecrübesiyle özgün bir kurumsal kimlik oluşturulmaktadır.
• Toplumsal Fayda ve Üretim: Bilimsel araştırmaların çeşitli materyallerle kamuoyuna sunulması aracılığıyla toplumun her kesiminin istifade edebileceği nitelikli bir üretim merkezi işlevi üstlenilmektedir.
• Arşiv ve Kütüphane Hizmetleri: Çalışma sahasına ait müstakil bir kütüphane ve zengin bir arşiv birimi teşkil edilerek araştırmacıların ve ilgililerin hizmetine sunulmaktadır.
• Nitelikli Külliyat Oluşturulması: Sahaya ait yayınlarla akademik derinliği olan bir külliyat inşa edilerek bu birikimin hem bilim camiasına hem de toplumsal hafızaya kazandırılması amaçlanmaktadır.
• Kurumlar Arası İş Birliği: Çanakkale ili özelinde devletin ilgili kurumlarıyla eş güdümlü hareket edilerek kurumlar arasında sürdürülebilir ve organik bir bağ tesis edilmektedir.
• Teşvik ve Sanatsal Faaliyetler: Alana yönelik ilgiyi artırmak ve akademik çalışmaları teşvik etmek maksadıyla ulusal ve yerel düzeyde bilimsel yarışmalar, sergiler ve sanatsal etkinlikler tertip edilmektedir.