Çanakkale Savaşları Enstitüsü kurumsal yapılanma içinde konuya ilgi duyan herkesin katılım sağlayabileceği, belirli konulara ve bölümlere ayrılan, bunun yanında Enstitü’nün çalışmalarını belirli bir disiplin içerisinde daha hızlı ve sonuç odaklı gerçekleşmesini sağlayacak alt çalışma birimleri oluşturulmuştur. Bu çalışma birimleri; sorumlu olan başkan, başkan yardımcısı ve üyelerden oluşmaktadır. Çalışma alan, konu ve prensipleri Enstitü Yönetmeliği’ne ek yönergelerle belirlenen bu çalışma birimlerinin oluşturulmasındaki bir diğer önemli husus ise sürekli hareketli bir çalışma ortamının düşünülmesidir. Birimler, belirli aralıklarla toplantılarını gerçekleştirmektedir.